Quando l'ospedale dove fa l'interna per ottenere la qualifica di dottoressa, viene trasportato sulla Luna dagli Jadoon, Martha Jones incontra il Dottore. Durante la crisi, Martha salva il Dottore rianimandolo, e in cambio lui le offre di salire sul Tardis.
Martha avra' occasione di conoscere William Shakespeare, di essere presente alle parole finali della Faccia di Boe, incontrera' i terribili Dalek finiti nella New York del 1930 e il cinico dottor Lazarus, la terribile Famiglia del Sangue, e gli implacabili Angeli Piangenti. La prova piu' dura per Martha sara' quella vissuta nell'anno che non e' stato, quando il Master prende il controllo totale della Terra. Sara' proprio Martha, mentre la sua famiglia, Jack Harkness e il Dottore sono prigionieri del Master, a viaggiare per il mondo intero diffondendo tra la popolazione le storie sul Dottore, cosa che permettera' la sconfitta del Master. Rimasta sulla Terra per stare accanto alla famiglia, Martha completa gli studi e si unisce alla UNIT. In qualita' di ufficiale della UNIT chiama il Dottore (che in quel periodo viaggia con Donna Noble) per aiutarli a sconfiggere la minaccia dei Sontaran.
Martha viene promossa direttrice medica del progetto Indigo quando la Terra viene spostata nella Cascata Medusa. Durante quella crisi Martha conosce Rose Tyler, incontra nuovamente Donna e molti altri compagni del Dottore. Nonostante un'offerta di lavoro da parte di Torchwood, Martha restera' dapprima con la UNIT e poi, insieme a Mickey Smith diventato nel frattempo suo marito, preferira' combattere gli alieni da "freelance".